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在本页阅读全文(共5页)
5.1.2. 移植和优化的软件列表(部分)
气象领域中常用软件
软件名称 |
简介 |
MM5 |
MM5是用于气象预报模拟的中小尺度非静力动力气象模式,它是目前气象领域中使用最为广泛的中尺度预报模式 |
WRF |
WRF模式系统是由许多美国研究部门及大学的科学家共同参与进行开发研究的新一代中尺度预报模式和同化系统 |
GRAPES |
中国气象局负责研究开发的,研究与业务通用的数值天气预报系统 |
计算化学领域常用软件
软件名称 |
简介 |
MaterialsStudio |
材料计算软件 |
Gaussian |
做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件 |
VASP |
使用赝势和平面波基组,进行从头量子力学分子动力学计算的软件包 |
ADF |
专门作密度泛函计算的软件。 |
GAMESS |
可以从RHF,ROHF,UHF,GVB和MCSCF计算波函数 |
Wien2k |
使用密度泛函理论计算固体的电子结构 |
Amber |
用于分子(特别是生物分子)的动力学模拟 |
CHARMm |
被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序,用于生物大分子的模拟 |
分子动力学领域中常用软件
软件名称 |
简介 |
Gromacs |
通用的分子动力学模拟软件 |
NAMD |
主要用于解决大型生物分子系统的模拟 |
生物领域主要软件
软件名称 |
简介 |
BLAST |
应用最广泛的序列相似性搜索工具 |
FASTA |
第一个被广泛应用的序列比对和搜索工具包 |
CLUSTALW |
目前使用最广泛的多序列比对程序 |
EMBOSS |
EMBOSS是一个开放源代码的序列分析软件包 |
InsightII |
Accelrys公司的InsightII三维图形环境软件包 |
Linpack效率测试
一个刀片柜内的10个刀片在未经任何优化的情况下测试出了高达5000亿次/秒的实测值,充分体现了曙光TC2600刀片服务器能发挥强大的浮点运算性能。
石油行业软件测试
采用石油行业使用量最大的Paradigm软件,配合BGP的大型数据测试,一个刀片两颗CPU计算2800道地震数据情况,仅耗时700余秒。
有限元分析软件测试
采用业界最知名的Ansys测试软件,配合软件自带的BMD-2/3/4/5算例,4刀片8颗CPU仅消耗100多秒就出了结果,充分体现了刀片服务器同样非常适合于有限元分析领域。
气象行业软件测试
采用全球最新的WRF模式,配合宁波气象局算例,10刀片20颗CPU仅耗时10多分钟就准确预报出了该地区24到48小时的气象情况。
物理行业软件测试
采用物理领域具有代表意义的VASP软件,仅花了1200多秒就计算出了算例结果。
分子动力学软件测试
在分子动力学领域,选用了LAMMPS软件,该软件具有非常良好的应用加速比,该特性在TC2600上刀片服务器上再次得到验证,随着CPU个数的增加,计算性能也成倍的提高,非常好的验证了刀片服务器整个设计构架设计完善,不留性能瓶颈的设计思路。
WCCS系统测试
为了满足Windows平台下众多的并行计算用户,在TC2600刀片服务器上进行了微软公司推出的WCCS(Windows Computer Cluster Server)兼容性测试,进行了Windows平台下的Linpack可行性测试,整个测试过程顺利流畅,完全可以满足用户需求,也再一次验证了曙光TC2600刀片服务器具有非常好的兼容性和易用性。
5.2.高级技术支持和服务
曙光公司凭借其在高性能计算领域的深厚积累,有条件为用户提供全方面、立体化的技术支持和服务。并采取几大举措:
实施服务超越战略
成立曙光高性能计算机用户体验中心体验中心
成立行业首席工程师负责制的应用研究团队
对于曙光的高性能计算用户,曙光的技术工程师提供无限期的应用支持,包括:
并行软件的编译,测试
性能优化
并行编程培训
协助进行软件移植
帮助用户解决使用中的难题
帮助用户分析系统瓶颈,寻找解决方法
6.附件:曙光公司与中国的高性能计算
中国高性能计算的发展和应用一直与“曙光”紧密地联系在一起。
“曙光”是中国自主研发的系列高性能计算机。“曙光”高性能计算机的成功,使得我国了在高性能计算领域突破了对国外技术的依赖,取得了一系列标志性的成就:
曙光一号并行计算机写入李鹏总理政府工作报告
曙光一号获国家技术进步二等奖
曙光1000获中科院科技进步特等奖
曙光1000获国家科技进步一等奖
曙光2000超级服务器系统获国家科技进步二等奖
曙光3000入选“2001年中国十大科技进展”
曙光3000获得国家科技进步二等奖
曙光4000L再次入选2003年“中国十大科技进展”
曙光4000A入选世界超级计算机TOP500前十位
曙光4000A入选“中国十大科技进展”
胡锦涛总书记在2006年1月全国科技大会上,“点”出了新中国成立以来特别是改革开放以来,我国广大科技人员所取得的7大“标志性”重大科技成就,在7大标志性科技成就中,高性能计算机位列第五。曙光高性能计算机不仅代表着中国计算机最高水平,也为“‘两弹一星’、载人航天、基因组研究”等其他标志性科技成就做出了重要贡献。
“曙光”高性能计算机为中国高性能计算的应用作出了卓越的贡献。
在轰动世界的人类基因组测序项目实施中,华大基因中心使用中科院计算所开发的超级计算机曙光2000和曙光3000系统,提前完成了人类基因组项目1%的任务,使中国科学家有幸成为这一伟大科学成就和历史进程的重要参与力量。
2004年投入使用的曙光4000A,峰值性能达到10 Tera-flops,代表中国自己研制生产的高性能计算机第一次进入TOP500 的前十名,使我国成为继美国、日本之后第三个具备研制数十万亿次规模高性能计算机系统的国家,表明我国在高性能计算方面发展到了新的高度。
2007年。中石油涿州物探局,利用曙光高性能计算进行模拟计算,成功发现了南堡油田。曙光公司专注于高性能计算领域,促进“曙光”系列高性能计算机的产业化应用。连续11年稳居国产高性能计算机市场第一,拥有国产高性能计算机70%以上的份额,实现了国产机对进口产品的超越。
2006年,曙光发布了百万亿高性能计算机的研发计划,继续引领中国的高性能计算机向前发展。
曙光公司以推动高性能计算在中国的发展和应用为己任,为国内的高性能计算用户提供全面的服务,扶植用户的应用,为用户提供全面、定制化的培训,帮助用户把高性能计算机用好,发挥出真正的作用和效益。
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