网格助力分子聚集信息蓝图

“Sun对网格计算的构思和战略实际上就是蓝图规划对计算生物学的构思，即每时每刻、不论在什么地方、从什么设备上，我们都能提供对资源的访问。” 多伦多Mount Sinai医院Samuel Lunenfeld研究所的蓝图规划科技方面的领导人Christopher Hogue博士认为，尽管大多数人认为DNA是生命的蓝图，但蓝图规划是试图从全世界的科学家那里搜集有关蛋白质和其他分子是怎样相互作用和聚集成生命细胞的信息。创建分子聚集信息数据库已经成为当前世界蛋白质体研究工作的焦点。Sun的Java技术已经使我们在发表新的生物分子交感网络数据库系统（Biomolecular Interaction Network Database BIND）中数据传递方面比预期的时间表提前了很多。

建议BIND存储库
蓝图规划研究项目经过仔细考虑后决定，BIND项目由Sun公司负责建设。

BIND是一个存储蛋白质怎样相互作用和如何控制细胞生命数据的不断壮大的存储库，它有助于研究人员在蛋白质体学的研究－即对蛋白质相互作用的研究。蓝图规划用世界范围内的科学家的贡献来创建一个丰富的网上资源，来协助更好的疾病治疗方法方面的研发。BIND使得研究人员能够相互比较权衡他们的经验，推进人类健康和医学方面的研究。

为了支持BIND和相关生物资讯学工具，蓝图规划此前已经获得了Sun公司超过500万美元的硬件，软件和存储资源的支持。由于Sun技术的可伸缩性，其以客户为中心的应对系统以及在生命科学和全球计算生物客户群体的专业知识，使蓝图规划最终决定采用了Sun技术来建造它的Web服务基础设施。

使用JAXB框架
基于Sun公司Fire服务器的网格集群包括6个Sun Fire V880服务器，4个Sun Fire 280R服务器和2个Sun Fire V480服务器，这种集群网格由在Solaris 操作系统下运行的UltraSPARC III处理器支持。另外，蓝图规划将运用Sun开放网络环境（Sun Open Network Environment，简称SunONE）软件方案的一些开放性可集成产品来设计、实施和管理它的Web服务以及向它的用户群提供基于Web的资源访问。从支持智能卡的Sun Ray 100瘦客户机（thin clients）上，医院实习生们可以访问生物资讯应用软件和像SeqHound生物资讯学数据库平台这样的资源。

为了管理数据库信息的传递，蓝图规划使用了面向XML绑定的Java框架 (JAXB)。JAXB容许Java技术的开发者投入最小的精力就能传递和维持高性能的支持XML的应用软件。蓝图规划同时使用了美国网捷网络公司（Foundry Networks , Inc.）的基于JetCore的BIGIRON系统，它通过10 GB的网络将Sun Fire服务器和Sun StorEdge磁盘阵列区连接到现存的位于MSH的高性能计算集群，这种处理能力是24 GB的Sun StorEdge磁盘阵列实现的，而Sun StorEdge磁盘阵列通过Sun StorEdge Performance Suite和Sun Management Center 3.0 软件进行管理。

Java使时间表提前
Christopher Hogue博士说，“由于Sun公司的标准是开放式的，我们知道他将会是我们合适的合作伙伴，协助我们迅速创建起数据库。Sun的Java技术已经使我们在发表新的BIND数据传递系统方面比预期的时间表提前了很多，我们期待着能够同Sun的软件工程师紧密合作。”Sun公司的技术提供了支持蓝图规划中BIND的必要的基础设施，BIND是用来存储交感、分子联合体和组成所有生命的蛋白质的路径的所有描述的数据库。

数据通过全球的研究者在网上递交给存储库，由蓝图规划确认其有效性之后，才能够传递给相应的人，以此增强研究的协作性。Sun公司全球教育及研发部副总裁 Kim Jones指出：“在20世纪90年代，Sun在计算生物学方面就拥有丰富的经验，因此Sun非常清楚研究人员所要求的处理能力是指什么。我们在生命科学方面的理念与蓝图规划的创始人的理念是一样的。”“Sun开发了业界很好的解决方案，在这个基础上，我们的客户，包括我们的带头人如Hogue博士可以进行不断的创新。”加拿大Sun Microsystems公司总裁Stéphane Boisvert说：“研发是加拿大未来经济的催化剂。Hogue博士和他 的工作人员为了能增强加拿大在研究方面的声誉早已跃跃欲试了，而Sun以能够运用它的生命科学专长与领先的技术帮助推进这项重要的科学项目而自豪。”(责任编辑：刘燕之)