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网格为研究带来希望

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e-Science(第二代英特网的科学资源共享)将使用网络与网格计算创建强大的处理系统。牛津e-Science中心的教授保罗·杰福瑞说:“网格技术将安全地分享分布式的计算资源。”

作者:转载自《每周电脑报》 2004年3月31日

关键字: e-Diamond e-Science 网格 网格计算 Grid

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e-Science(第二代英特网的科学资源共享)将使用网络与网格计算创建强大的处理系统,这是科学研究的未来。牛津e-Science中心的教授保罗·杰福瑞说:“网络给了我们分享互联网上信息的能力,网格技术将安全地分享分布式的计算资源。”

杰福瑞认为:“e-Science背后的驱动力在于我们需要处理大量科学研究中的数据信息。”现代的科学家已用千兆(petabytes)来测量数据,如果用普通的计算机,他们需要花费数年的时间来对这些数据进行计算。杰福瑞说:“使用网格技术,全球的科学家能够进行协同工作,利用联网的计算机快速地解决问题,并扩大科学知识的界限。”

医学研究需要网格
随着网格技术的发展,生物医学研究人员将创建网格计算资源,利用它对复杂的生物学系统进行模拟,用计算机仿真的方式来了解并治疗疾病。通过英国及海外的联网计算机,牛津希望他们能够进一步研究这些疾病的原理,找到新的解决之道。

牛津的综合生物项目负责人大卫·格威汉表示,处于后基因时代的生物研究将依赖于一种协作性的开发模式。他说:“这种开发模式将能让我们更加充分地使用现在已经获得的大量的试验数据。我们的目标是建立心脏病及癌症理论研究所需要的e-Science应用基础架构。”牛津大学于2004年1月下旬宣布,将使用网格技术来解决两个世界上最大的医学难题。

项目将集中在两个方面:心脏模拟、癌症形成和生长方式的模拟,以便为未来最终研制出治疗这两种疾病提供依据。据统计,英国有十分之六的患者死于这两种疾病。这项名为“综合生物项目”的计划是牛津迈向e-Science的最新举措。这是项设计面很广的研究,不仅牵扯牛津的各个院系,还将动用其他六所大学的研究力量,他们是:伦敦大学, 诺丁汉大学、利兹大学、伯明翰大学、谢菲尔德大学以及新西兰的奥克兰大学,IBM也会参与研究。

牛津的苏·艾文森教授说:“我们对牛津大学成为这项研究的排头兵感到自豪。”

从学术上讲,这个项目将集合各种学术研究模式,例如实验性数学建模、高性能计算以及仿真。但为了实现真正的突破,拥有海量计算能力是关键。格威汉说:“从数学角度分析,这是一个巨大的问题。因此使用高性能的计算是惟一的途径。网格是实现这一目的的关键。”为了实现这一目标,第一代网格项目,例如e-Diamond已经被大大改进了。

相应地,这个项目包含了一系列的先进技术,比如安全措施,计算机访问以及如何连接全球的计算资源等等。格威汉说:“这个项目的第一阶段的工作是数据集合,存储与整合工作,第二步将使用这些数据为生物学家提供有用的信息。”

一个自动化,容错的网格系统将允许生物学家利用发布式资源进行无缝开发,这些资源包括高性能的计算机,数据库以及用于研究疾病生长的可视化工具。利用这些工具,研究者将有能力对临床与生命科学中的复杂生物系统进行建模,象肿瘤的生长等等。格威汉说:“通过牛津的 e-science中心,我们正在做一些原先不可能做的工作。”他说:“ e-science已经进入了第二个发展阶段,由于我们已经投资在这上面,因此,如果我们无法证明它对新的科学研究有帮助的话,我们将没法说服任何人继续延着这条道路前进。”

e-Diamond应用网格
英国的e-Diamond项目,被称为“数字乳房X光照片国家数据库”,是一个使用了网格技术的项目,它的目标是提高乳癌的诊断效率。e-Diamond将改善目前的诊疗环境,为医务工作者提供有力的工具。

e-Diamond项目的负责人麦克·白瑞德教授说:“乳癌的发病信号通常是微小的,因此很难检测出来,它们因患者的不同而各异,又因为时间的长短而不同。”e-Diamond于2002年底开始实施,它能够提高乳癌诊断的效率与可靠性。但将乳房X光照片实现数字化并自动分析是项难度极大的工作:每年,英国有300万的妇女进行乳房X光照片,而每张照片的数据文件大小是128 Mb。 白瑞德说:“实现数字化自动分析的难点在于数据的计算量太大了,我们需要巨型计算资源。”出路在于建立全国性的网格计算系统,这种系统将推动乳房X光照片的存储和分析工作的发展。

他说:“我们的目标是建立一种乳房X光照片的协作性的联盟机构。”

参加这个项目研究的包括IBM、牛津e-Science中心、牛津的Mirada方案中心、伦敦大学, 伦敦大学国王学院以及乳房照片中心。2004年,这项计划将首先在英国的各个X光照片中心开展。

结束语
网格不仅可以让生物学研究有实现重大突破的可能,科学家相信,这种工作还将对其他领域的科学研究产生广泛的影响,甚至对整个学术研究产生深远的影响。麦克·白瑞德教授说:“我相信网格对整个学术界都有好处,而不仅仅是自然科学领域。” (责任编辑:刘燕之)

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