某医药公司在使用 VASP 生物医药分子模型优化自己的算法时遇到了性能低下的问题,为了解决这个问题,一起针对VASP分子模型的特点,进行技术匹配,最终发现,英特尔® oneAPI工具套件中的MPI库能够助其获得理想结果。
MPI (Message Passing Interface),是开发者们在科学计算程序中,用于在参与计算的不同 CPU、或服务器节点之间进行消息传递的一组规范或接口,通过这组接口,能帮助开发工程师们在不同的计算平台上快速编写可跨平台移植的并行计算程序,提升开发效率。
VASP(全称 Vienna Ab-initio Simulation Package)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
测试环境基于火山引擎g2i实例,采用双路版第三代英特尔® 至强® 可扩展处理器,提供强劲性能。
a. 测试步骤
步骤 1,安装英特尔® OneAPI 工具套件,并使能环境变量;
步骤 2,基于 OneAPI 中的英特尔® Compiler 和 MKL(数学核心函数库),编辑 VASP 软件包的 makefile,编辑相关库的地址,打开编译器优化配置,编译构建VASP 程序;
步骤 3,获取测试用例,运行VASP 程序:
Bash
cd PATH-TO-CASE
mpirun -genv I_MPI_DEBUG=5 -np 4 PATH-TO/ binary/vasp_std
b. 优化效果
基于业务模型提供定制化解决方案,其中包括使用英特尔® oneAPI 工具套件提升性能[1]:
实际性能受使用情况、配置和其他因素的差异影响。更多信息请见www.Intel.cn/PerformanceIndex
c. 异常 case 优化:
客户测试中遇到了一个异常 case,导致容易超时甚至运算失败等问题,而且在不同的配置下最终运算结果会有小幅度的差异。
通过英特尔与火山引擎联合定位分析,最终选择了新版本的英特尔® MPI,结合测例中的NPAR参数调优:
• VASP 官方推荐实践:
• 调优后的最佳实践:去掉 NPAR 这个参数,可以获得平衡的性能以及稳定的结果输出。
火山引擎向该生物医药科技公司提供了基于英特尔® oneAPI 工具套件中的MPI库,广泛赋能更加数字化和智能化的药物研发效率升级,并对VASP分子训练模型进行了NUMA亲和性优化,极大地提高了运算性能,从而提高研发成功率、降低研发成本。
[1] 测试日期为 2022 年 9 月,该数据由字节跳动提供,英特尔并不控制或审计第三方数据。请您审查该内容,咨询其他来源,并确认提及数据是否准确。
好文章,需要你的鼓励
RiOSWorld是一项开创性研究,评估多模态计算机使用代理在真实环境中的安全风险。由上海人工智能实验室团队开发的这个基准测试包含492个风险任务,涵盖网页浏览、社交媒体、操作系统等多种应用场景。研究将风险分为环境源和用户源两大类,通过风险目标意图和完成两个维度进行评估。对十个代表性MLLM代理的测试结果表明,当前代理在风险目标意图上的不安全率高达84.93%,在风险目标完成上达59.64%,揭示了AI代理在计算机使用安全性方面存在的严重隐患,为未来可信AI系统的开发提供了重要参考。
牛津大学林元泽及其国际合作团队开发的IllumiCraft是一种创新的视频重光照技术,它首次将几何和光照引导统一到一个扩散模型中。通过同时处理HDR环境图、合成重光照帧和3D点轨迹,该技术能生成与用户提示一致的时间连贯视频。研究团队还构建了包含20,170个视频对的高质量数据集,实验表明IllumiCraft在视觉质量、提示对齐和时间一致性方面显著优于现有方法,开创了可控视频生成的新可能。
中国人民大学物理学院研究团队开发了HTSC-2025,这是一个专为AI预测超导临界温度而设计的常压高温超导体基准数据集。该数据集包含140个样本,涵盖了2023-2025年基于BCS理论预测的超导材料,平均Tc为27.3K,最高达160K。研究不仅提供了公开的评估框架,还总结了提高超导温度的物理策略,如空穴掺杂和轻元素引入。该基准已在GitHub开源,为AI驱动的超导材料发现提供了重要支持。
MBZUAI研究团队开发了FinChain,这是金融领域首个可验证的符号化思维链推理基准测试。该基准涵盖12个金融领域的54个主题,每个主题包含5个不同难度的参数化模板,配有可执行的Python代码验证每一步推理。研究者还提出了ChainEval评估指标,同时评估最终答案正确性和中间推理步骤一致性。对30个大语言模型的测试表明,即使最先进模型在处理复杂金融推理时仍有很大提升空间,且模型规模是决定推理能力的关键因素。